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历史：
在神奥传说中，整个宇宙，包括神奇宝贝世界，是由一位名为阿尔宙斯的神奇宝贝创造的。阿尔宙斯从虚无之地的蛋中诞生，是第一只存在于世界的神奇宝贝。接着阿尔宙斯创造出帝牙卢卡，帕路奇犽，还可能包括骑拉帝纳。阿尔宙斯分别给了帝牙卢卡与帕路奇犽掌控时间与空间的能力，而骑拉帝纳则存在于另一个次元之中。接着，在世界诞生之初，阿尔宙斯创造了亚克诺姆，由克希，和艾姆利多，分别代表共存于现代的人类和神奇宝贝之中的意志、知识与感情。它们生存于今天被称为立志湖，睿智湖，心齐湖的湖泊底部，被称为湖中的传说神奇宝贝。在此期间，梦幻在神奇宝贝世界诞生，并包含了当时及未来存在的全部神奇宝贝的遗传基因。
固拉多与盖欧卡的大战
很久很久之后，固拉多从地底的岩浆中诞生，盖欧卡在深海的海沟中出现，烈空坐则形成于臭氧层的物质中。烈空坐在臭氧层中盘旋，偶尔也会来到天空之柱休憩。固拉多和盖欧卡分别扩张着大陆与海洋。两只超古代神奇宝贝终于碰面，带来了为争夺在神奇宝贝世界之初的优势而进行的激烈战斗。烈空坐最终平息了这场战斗，并使得固拉多与盖欧卡回到各自长眠的洞窟中。为了防止两只超古代神奇宝贝再度醒来，红色宝珠与蓝色宝珠被制造，并保管于送火山。当时，梦幻在世界各地出现，有相当多的分布数量。除此之外，神奇宝贝世界中出现了天冠山一类的地块，随着雷吉奇卡斯在陆地间的移动，形成了各个地区，在天冠山周围形成的是神奥地方。在这场造山运动中，神奥地方的东北部出现了严酷山，在其中的岩浆中诞生出席多蓝恩。阿尔宙斯创造了金刚玉魂、白玉魂和白金玉魂，之后进入了长眠之中。
远古时代的未知图腾
许多年之后进入了史前时代，并出现了多种存在于那个时期的神奇宝贝。考古学家已证实这些神奇宝贝分布于各个陆地，在今天形成了化石并包含着神奇宝贝的遗传基因。这一时期可能梦幻的数量开始减少，世界上更多地存在其它种类的神奇宝贝。除了神奇宝贝之外，神奇宝贝世界上还出现了人类。
在石器时代、冰河时代和铁器时代，分别出现了雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇鲁，它们藏于丰缘地方，并作为打开在切锋神殿雷吉奇卡斯封印的钥匙。
烧焦塔在被烧毁150年之后
约3000年前，卡洛斯地方发生战争。当时的国王az的神奇宝贝朋友花叶蒂死亡。az因而开发出了最终兵器。
1500年前，最早的文字书写方式在阿露福遗迹、阿斯卡纳遗迹和随意遗迹出现。考古学家尚不能确定未知图腾和这种书写方式究竟哪个最先出现，但显然它们之间有某种关联。在此时期，鲤鱼王的种群发生突变，成为了最脆弱的神奇宝贝。
在700年前的近代，在圆朱市相继建造了9层高的铃铛塔和钟之塔。两座塔象征着神奇宝贝与人类之间的友谊和共同生活的希望。从塔顶一览的情景十分壮丽。西边的是唤醒神奇宝贝的钟之塔，而东边的塔是神奇宝贝的休憩之处。据说在当时，一只巨大的银色神奇宝贝栖息于钟之塔顶，相对的铃铛塔则住着彩虹色的凤王。然而，在150年前，一场闪电击中了钟之塔，剧烈的大火燃烧了整整三天，在一场倾盆大雨之后才被熄灭。洛奇亚和凤王逃离了这场灾难，之后洛奇亚到漩涡列岛栖息。在那时起，第一届神奇宝贝联盟比赛开始举办。在现代时期，秋叶原博士创造了第一只人造神奇宝贝3d龙。
在数年前，人类从梦幻的基因中克、隆出超梦，超梦逃脱了人类的控制并破坏了红莲岛上的神奇宝贝屋。不久之后，红莲岛的火山喷发破坏了岛上的许多区域。另外火岩队和水舰队的首领唤醒了固拉多与盖欧卡并使它们再度交战，又再度被烈空坐平息。
在现代，由于环境的异常变化，神奥地方开始变得寒冷。敌对组织银河队使用红锁链使湖之众神召唤出了帝牙卢卡，帕路奇犽和骑拉帝纳。由于主角的干涉，银河队的计划没有得逞。那时在天冠山顶出现了一个时空裂缝，也是破格的世界的入口。骑拉帝纳和银河队首领赤日进入了破格的世界，之后这个入口的关闭让神奥地方恢复了平和。
在近年，以n为首的电浆团在合众地方活动。魁奇思以合众的建国传说四处游说，表面上是想解放神奇宝贝，实际上在酝酿更大的阴谋。而n则为他的理想收服了捷克罗姆或雷希拉姆，当击败冠军阿戴克后，主角在合众八位道馆训练家的帮助下，唤醒了另一条龙神奇宝贝在n的城堡及时阻止了n，但n幕后的魁奇思露出了他的真面目。由于主角的活跃，逮捕了魁奇思，n乘着捷克罗姆或雷希拉姆飞走。国际刑警官员大帅在主角的帮助，逮捕了电浆团余党，合众地方的风波被平定。
2年后，电浆团分裂成两派。魁奇思带领电浆团企图用酋雷姆的力量把合众地方冰冻，后来被主角及n阻止。魁奇思却让酋雷姆和捷克罗姆b2或雷希拉姆w2合体。最后，酋雷姆被主角制服，合众地方免于受到危机。
就在这段时间里，卡洛斯地方的闪焰队打算使用“最终兵器”改变这个世界。因而唤醒了哲尔尼亚斯x或伊裴尔塔尔y。主角制伏了它们以后，卡洛斯地方3000年前的国王az的后代，闪焰队首领弗拉达利使用能进行超进化的神奇宝贝打算阻止主角离开闪焰队秘密基地。最后，主角成为冠军，回到密阿雷市接受表扬。az与花叶蒂再次相遇。卡洛斯地方脱离了危险。
文化：
在神奇宝贝世界，神奇宝贝和人类一起生存，作为训练家的人类会收服神奇宝贝，训练神奇宝贝，和神奇宝贝一起对战，培育神奇宝贝，或者把神奇宝贝作为宠物，亦或作为一门研究的学科，或利用神奇宝贝的能力完成各种工作。许多神奥传说也说人类与神奇宝贝的关系非常亲近，历史上甚至有一段不分彼此的时期。
广义地说，神奇宝贝训练本身就是基于两个这样的问题：训练家和神奇宝贝应该有怎样的关系，如何才能增进这种关系。因为有着不同的观点，不同的训练家也会有不同的训练方式，专长于不同的领域。并没有任何一种方式是正确的训练方式，每一种方式都有其有利于不利的一面。
然而，许多训练方式最终其实都分属两类。第一类是专注于神奇宝贝的感受和幸福，建立强大的友谊；第二类是专注于神奇宝贝的力量和能力。训练家经常会为这两种观点争执不休。在神奇宝贝系列的价值观里，则突出地强调训练家与神奇宝贝之间，友情才是最重要的，而只要有爱与关心，就能发挥出任何神奇宝贝的强大力量。
神奇宝贝世界史显然与现实世界不同，并侧重于描写人类与神奇宝贝相处的部分。在世界上并没有主要的宗教，但许多信仰和神话都围绕着传说中的神奇宝贝，所以也可以说，神奇宝贝是这个世界人类的主要信仰。而且，许多人类都对神奇宝贝表现出友好和尊重，世界各地也有与神话传说相关的神殿。
然而，也有许多人希望利用神奇宝贝满足自己的野心。有些人希望获得物质的收获，而有些人则希望达成一些不被这个世界接受的理想。另外，至少在历史上，神奇宝贝世界曾有过战争，并且分属不同阵营的神奇宝贝也曾参与其中。
神奇宝贝是神奇宝贝世界之中，和人类一起生活的生物。许多人类尊重并善待神奇宝贝，也有一些人类试图滥用神奇宝贝。神奇宝贝具有感情，并在某种程度上能理解人类的语言。生态环境的变化也受神奇宝贝的影响。和现实世界的生物相比，许多神奇宝贝拥有超出现实世界生物的能力。
进化：
在神奥传说中，神奇宝贝和人类最初并不分彼此，属于同一个种群。随着时间的推移，一部分生物演变形成了人类。这种说法在神奇宝贝世界中提到很多次，但并未得到证实。梦幻是所有生物的祖先，它演化成为其它神奇宝贝。最早的人类诞生于数百万年前的石器时代。在生物学和遗传学上，所有的神奇宝贝都同属一种物种的不同分支，所以虽然不同种的神奇宝贝也有可能在饲育屋中生蛋。
在现代的神奇宝贝世界，进化一词专指神奇宝贝在生长到一定阶段、或在特定条件下转变为另一种神奇宝贝的过程。进化并不只是体型变大，一般进化型态的神奇宝贝拥有更强大的种族值，学会不同的技能，甚至改变属性。许多神奇宝贝都可以进化。
神奇宝贝的进化，更类似于现实世界的生物变态而非进化，和进化一词相似的神奇宝贝进化是结草儿，它会根据环境来改变进化后的型态。
繁殖：
几乎所有神奇宝贝都可以进行繁殖。完全进化的，或者经过幼年型态的神奇宝贝可以和相同蛋群的神奇宝贝生蛋。没有性别的神奇宝贝也可以和百变怪生蛋。除了玛纳霏和霏欧纳之外，幼年型态的神奇宝贝以及传说中的神奇宝贝不可以生蛋。和现实世界的生物一样，许多神奇宝贝有性别之分，有些神奇宝贝可以通过性别差异分辨。通常，训练家神奇宝贝一般在神奇宝贝饲育屋中生蛋。神奇宝贝繁殖的方式并不为人所知，也不为人所见。
神奇宝贝在出生之前生活在蛋里，神奇宝贝蛋有坚硬的外壳保护它的成长。蛋的外形通常会有所属的神奇宝贝的花纹。和现实世界的动物一样，神奇宝贝会竭力保护它们的蛋，把蛋守护在离它们很近的地方。在成长到一定程度后，神奇宝贝就会从蛋中孵化出来。神奇宝贝孵化所需要的时间依神奇宝贝的种类而有所不同，但若把蛋存放在电脑里，蛋的成长就会暂停。
有些神奇宝贝有幼年型态。幼年型态的神奇宝贝在进化之后，就可以进行繁殖。许多存在幼年型态的神奇宝贝的蛋只会孵化成为幼年型态；然而有些神奇宝贝的蛋一般会孵化成略成熟一些的型态，只有在生蛋时携带对应的熏香，才会使蛋孵化成幼年型态。
食物：
在神奇宝贝图鉴中，曾多次提到一些神奇宝贝会以其它种类的神奇宝贝为食，比如比雕会从水中捕捉鲤鱼王。一些地方也提到人类会食用神奇宝贝，比如主角妈妈的红莲火山汉堡，火箭队兜售的美味尾巴。大葱鸭也因为被过度捕食而数量锐减。一些神奥传说中也提到了食用神奇宝贝，其中称如果把它们的骨头捡干净放回它们原先所在的地方，神奇宝贝就会获得重生。
分类：
神奇宝贝分布在不同的地区，并由当地的神奇宝贝博士统计，编成神奇宝贝图鉴。大木博士统计了关都地方存在的151种神奇宝贝，和不同地区的神奇宝贝编成全国图鉴，在关都地方、城都地方、丰缘地方、神奥地方、合众地方、卡洛斯地方，一共有719种神奇宝贝存在。
神奇宝贝也依据属性进行划分，不同属性的神奇宝贝有所克制和所不利的属性，属性一共有18种，神奇宝贝可以有一个或两个属性。
